| 順位 | 西暦 | 氏名 | 大学 | 学年 | タイム | 区間順位 |
| 1 | 2022 | 吉居 大和 | 中大 | 2 | 1:00:40 | 1 |
| 2 | 2024 | 篠原 倖太朗 | 駒大 | 3 | 1:01:02 | 1 |
| 3 | 2007 | 佐藤 悠基 | 東海大 | 2 | 1:01:06 | 1 |
| 4 | 1994 | 渡辺 康幸 | 早稲田大 | 2 | 1:01:13 | 1 |
| 5 | 2020 | 米満 怜 | 創価大 | 4 | 1:01:13 | 1 |
| 6 | 2020 | 藤木 宏太 | 國學院大 | 2 | 1:01:18 | 2 |
| 7 | 2022 | 唐澤 拓海 | 駒大 | 2 | 1:01:19 | 2 |
| 8 | 2020 | 池田 耀平 | 日体大 | 3 | 1:01:21 | 3 |
| 9 | 2016 | 久保田 和真 | 青学大 | 4 | 1:01:22 | 1 |
| 10 | 2020 | 鬼塚 翔太 | 東海大 | 4 | 1:01:23 | 4 |
| 11 | 2022 | 市村 朋樹 | 東海大 | 4 | 1:01:24 | 3 |
| 12 | 2022 | 木村 暁仁 | 専大 | 2 | 1:01:24 | 4 |
| 13 | 2014 | 山中 秀仁 | 日体大 | 2 | 1:01:25 | 1 |
| 14 | 2022 | 志貴 勇斗 | 青学大 | 2 | 1:01:25 | 5 |
| 15 | 2024 | 桑田 大輔 | 創価大 | 4 | 1:01:25 | 2 |
| 16 | 2020 | 栗原 啓吾 | 中学大 | 2 | 1:01:26 | 5 |
| 17 | 2022 | 藤木 宏太 | 國學院大 | 4 | 1:01:26 | 6 |
| 18 | 2024 | 野村 颯斗 | 城西大 | 4 | 1:01:27 | 3 |
| 19 | 2024 | 西村 翔太 | 日大 | 4 | 1:01:28 | 4 |
| 20 | 2020 | 中谷 雄飛 | 早大 | 2 | 1:01:30 | 6 |
| 21 | 2020 | 吉田 圭太 | 青学大 | 3 | 1:01:31 | 7 |
| 22 | 1995 | 中村 祐二 | 山梨学院 | 2 | 1:01:32 | 1 |
| 23 | 2020 | 小野寺 悠 | 帝京大 | 3 | 1:01:32 | 8 |
| 24 | 2024 | 兵藤 ジュダ | 東海大 | 2 | 1:01:33 | 5 |
| 25 | 2024 | レマイヤン | 駿河台大 | 1 | 1:01:35 | 6 |
| 26 | 2014 | 中村 匠吾 | 駒澤大 | 3 | 1:01:36 | 2 |
| 27 | 2024 | 西脇翔太 | 帝京大 | 4 | 1:01:37 | 7 |
| 28 | 2024 | 大湊柊翔 | 明治大 | 1 | 1:01:38 | 8 |
| 28 | 2024 | 荒巻朋熙 | 青学大 | 2 | 1:01:38 | 9 |
| 28 | 2024 | 三浦龍司 | 順天堂大 | 4 | 1:01:38 | 10 |
| 31 | 1994 | 井幡 政等 | 山梨学院 | 3 | 1:01:40 | 2 |
| 32 | 2022 | 中山 雄太 | 学生連合 （日薬大） |
3 | 1:01:41※ | ー |
| 33 | 2016 | 横手 健 | 明治大 | 4 | 1:01:44 | 2 |
| 34 | 2024 | 高槻芳照 | 東農大 | 4 | 1:01:45 | 11 |
| 35 | 2024 | 間瀬田純平 | 早稲田大 | 2 | 1:01:45 | 12 |
| 36 | 2014 | 田口 雅也 | 東洋大 | 3 | 1:01:46 | 3 |
| 37 | 2022 | 山谷 昌也 | 東国大 | 3 | 1:01:49 | 7 |
| 38 | 2022 | 小野 隆一朗 | 帝京大 | 2 | 1:01:51 | 8 |
| 39 | 2024 | 西川千青 | 大東大 | 3 | 1:01:57 | 13 |
| 40 | 2022 | 内田 隼太 | 法大 | 3 | 1:01:58 | 9 |
| 41 | 2015 | 中村 匠吾 | 駒澤大 | 4 | 1:02:00 | 1 |
| 42 | 2016 | 町澤 大雅 | 中央大 | 3 | 1:02:00 | 4 |
| 43 | 2016 | 金森 寛人 | 拓殖大 | 4 | 1:02:00 | 3 |
| 44 | 2015 | 久保田和真 | 青学大 | 3 | 1:02:01 | 2 |
| 45 | 2014 | 文元 慧 | 明治大 | 3 | 1:02:02 | 4 |
| 46 | 2012 | 大迫 傑 | 早稲田大 | 2 | 1:02:03 | 1 |
| 46 | 2022 | 巻田 理空 | 神大 | 2 | 1:02:03 | 11 |
| 46 | 2022 | 木榑 杏祐 | 国士大 | 4 | 1:02:03 | 10 |
| 46 | 2024 | 宮岡幸大 | 法政大 | 3 | 1:02:03 | 14 |
| 50 | 2015 | 横手 健 | 明治大 | 3 | 1:02:07 | 3 |
| 50 | 2020 | 中村 大聖 | 駒大 | 4 | 1:02:07 | 9 |
箱根駅伝 1区歴代トップ50
