| 順位 | 大学 | タイム |
| 1 | 東京国際 | 2:12:10 |
| 2 | 青山学院 | 2:14:07 |
| 3 | 東洋 | 2:14:13 |
| 4 | 國學院 | 2:14:17 |
| 5 | 駒澤 | 2:14:53 |
| 6 | 早稲田 | 2:15:00 |
| 7 | 創価 | 2:15:37 |
| 8 | 帝京 | 2:16:24 |
| 9 | 東海 | 2:16:53 |
| 10 | 順天堂 | 2:17:17 |
| 11 | 立命館 | 2:20:14 |
| 12 | 阪経済 | 2:21:48 |
| 13 | 関西学院 | 2:22:26 |
| 14 | 皇學館 | 2:23:07 |
| 15 | 北信越学連選抜 | 2:23:58 |
| 16 | 広島経済 | 2:24:36 |
| 17 | 札幌学院 | 2:25:36 |
| 18 | 東北学連選抜 | 2:25:50 |
| 19 | 北海道 | 2:27:52 |
| 20 | 日本文理 | 2:30:42 |
【速報】出雲駅伝2021 総合結果
