| 大学 | 1区 | 2区 | 3区 | 4区 | 5区 | 6区 |
| 東京国際大 | 3 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 青山学院大 | 1 | 5 | 3 | 3 | 4 | 2 |
| 東洋大 | 7 | 9 | 8 | 6 | 2 | 3 |
| 國學院大 | 6 | 1 | 7 | 4 | 3 | 4 |
| 駒澤大 | 8 | 6 | 5 | 8 | 8 | 5 |
| 早稲田大 | 2 | 4 | 4 | 2 | 5 | 6 |
| 創価大 | 11 | 10 | 2 | 7 | 7 | 7 |
| 帝京大 | 9 | 7 | 6 | 5 | 6 | 8 |
| 東海大 | 10 | 8 | 9 | 9 | 9 | 9 |
| 順天堂大 | 5 | 2 | 10 | 11 | 10 | 10 |
| 立命館大 | 12 | 11 | 11 | 10 | 11 | 11 |
| 大阪経済大 | 16 | 15 | 13 | 13 | 13 | 12 |
| 関西学院大 | 13 | 13 | 12 | 12 | 12 | 13 |
| 皇學館大 | 19 | 16 | 17 | 16 | 14 | 14 |
| 北信越学連 | 14 | 14 | 14 | 15 | 15 | 15 |
| 広島経済大 | 15 | 17 | 16 | 17 | 16 | 16 |
| 札幌学院大 | 17 | 19 | 18 | 18 | 17 | 17 |
| 東北学連 | 4 | 12 | 15 | 14 | 18 | 18 |
| 北海道大 | 18 | 18 | 19 | 19 | 19 | 19 |
| 日本文理大 | 20 | 20 | 20 | 20 | 20 | 20 |
【速報】出雲駅伝2021 順位変動一覧
