| 順位 | 大学 | タイム |
| 1 | 青山学院大 | 5:25:33 |
| 2 | 駒澤大 | 5:25:35 |
| 3 | 中央大 | 5:28:39 |
| 4 | 早稲田大 | 5:28:47 |
| 5 | 創価大 | 5:28:48 |
| 6 | 國學院大 | 5:29:30 |
| 7 | 明治大 | 5:30:12 |
| 8 | 順天堂大 | 5:30:32 |
| 9 | 東洋大 | 5:30:34 |
| 10 | 東海大 | 5:31:09 |
| 11 | 関東学連 | 5:32:24 |
| 12 | 帝京大 | 5:33:29 |
| 13 | 東京国際大 | 5:33:43 |
| 14 | 日本体育大 | 5:33:46 |
| 15 | 神奈川大 | 5:35:15 |
| 16 | 城西大 | 5:35:36 |
| 17 | 拓殖大 | 5:35:46 |
| 18 | 法政大 | 5:36:16 |
| 19 | 国士舘大 | 5:36:19 |
| 20 | 専修大 | 5:38:30 |
| 21 | 山梨学院大 | 5:38:58 |
箱根駅伝2021 復路総合結果
