| 順位 | 西暦 | 氏名 | 大学 | 学年 | タイム | 区間順位 |
| 1 | 2024 | 山本唯翔 | 城西大 | 4 | 1:09:14 | 1 |
| 2 | 2024 | 若林宏樹 | 青学大 | 3 | 1:09:32 | 2 |
| 3 | 2023 | 山本 唯翔 | 城西大 | 3 | 1:10:04 | 1 |
| 4 | 2023 | 四釜 峻佑 | 順大 | 4 | 1:10:19 | 2 |
| 5 | 2020 | 宮下 隼人 | 東洋大 | 2 | 1:10:25 | 1 |
| 6 | 2022 | 細谷 翔馬 | 帝京大 | 4 | 1:10:33 | 1 |
| 7 | 2023 | 阿部 陽樹 | 中大 | 2 | 1:10:36 | 3 |
| 8 | 2020 | 飯田 貴之 | 青学大 | 2 | 1:10:40 | 2 |
| 9 | 2022 | 吉田 響 | 東海大 | 1 | 1:10:44 | 2 |
| 10 | 2020 | 浦野 雄平 | 國學院大 | 4 | 1:10:45 | 3 |
| 10 | 2023 | 山川 拓馬 | 駒大 | 1 | 1:10:45 | 4 |
| 10 | 2024 | 金子伊吹 | 駒大 | 4 | 1:10:45 | 3 |
| 13 | 2022 | 若林 宏樹 | 青学大 | 1 | 1:10:46 | 3 |
| 14 | 2019 | 浦野 雄平 | 國學院大 | 3 | 1:10:54 | 1 |
| 15 | 2020 | 青木 涼真 | 法大 | 4 | 1:11:06 | 4 |
| 16 | 2019 | 西田 壮志 | 東海大 | 2 | 1:11:18 | 2 |
| 17 | 2022 | 金子 伊吹 | 駒大 | 2 | 1:11:19 | 4 |
| 18 | 2023 | 前田 義弘 | 東洋大 | 4 | 1:11:21 | 5 |
| 19 | 2019 | 青木 涼真 | 法大 | 3 | 1:11:29 | 3 |
| 20 | 2024 | 菊地駿介 | 大東大 | 4 | 1:11:41 | 4 |
| 21 | 2018 | 青木 涼真 | 法大 | 2 | 1:11:44 | 1 |
| 21 | 2022 | 四釜 峻佑 | 順大 | 3 | 1:11:44 | 5 |
| 23 | 2020 | 鈴木 聖人 | 明大 | 2 | 1:11:49 | 5 |
| 23 | 2023 | 伊藤 大志 | 早大 | 2 | 1:11:49 | 6 |
| 25 | 2021 | 細谷 翔馬 | 帝京大 | 3 | 1:11:52 | 1 |
| 26 | 2022 | 阿部 陽樹 | 中大 | 1 | 1:11:58 | 6 |
| 27 | 2019 | 山田 攻 | 順大 | 4 | 1:11:59 | 4 |
| 27 | 2022 | 山﨑 諒介 | 神大 | 3 | 1:11:59 | 7 |
| 29 | 2020 | 井手 孝一 | 神奈川大 | 3 | 1:12:01 | 6 |
| 29 | 2024 | 倉島啓人 | 駿河台大 | 2 | 1:12:01 | 5 |
| 31 | 2018 | 安井 雄一 | 早大 | 4 | 1:12:04 | 2 |
| 31 | 2020 | 西田 壮志 | 東海大 | 3 | 1:12:04 | 7 |
| 33 | 2021 | 三上 雄太 | 創価大 | 3 | 1:12:05 | 2 |
| 34 | 2021 | 宮下 隼人 | 東洋大 | 3 | 1:12:09 | 3 |
| 35 | 2024 | 工藤慎作 | 早大 | 1 | 1:12:12 | 6 |
| 36 | 2018 | 細谷 恭平 | 中学大 | 4 | 1:12:17 | 3 |
| 37 | 2024 | 山本雷我 | 国士大 | 4 | 1:12:18 | 7 |
| 38 | 2022 | 宮下 隼人 | 東洋大 | 4 | 1:12:22 | 8 |
| 39 | 2019 | 伊東 諷汰 | 駒大 | 2 | 1:12:23 | 5 |
| 40 | 2023 | 伊地知 賢造 | 國學院大 | 3 | 1:12:27 | 7 |
| 41 | 2018 | 山田 攻 | 順大 | 3 | 1:12:30 | 4 |
| 42 | 2019 | 戸部 凌佑 | 拓大 | 4 | 1:12:32 | 6 |
| 42 | 2024 | 細迫海気 | 法大 | 4 | 1:12:32 | 8 |
| 44 | 2023 | 新井 大貴 | 帝京大 | 4 | 1:12:33 | 8 |
| 45 | 2023 | 橋本 章央 | 学連選抜 （芝工大） |
3 | 1:12:38※ | ー |
| 45 | 2024 | 吉田響 | 創価大 | 3 | 1:12:38 | 9 |
| 47 | 2019 | 佐藤 弘規 | 大東大 | 3 | 1:12:42 | 7 |
| 48 | 2022 | 殿地 琢朗 | 國學院大 | 4 | 1:12:43 | 9 |
| 49 | 2021 | 鈴木 芽吹 | 駒澤大 | 1 | 1:12:44 | 4 |
| 50 | 2017 | 大塚 祥平 | 駒大 | 4 | 1:12:46 | 1 |
| 50 | 2020 | 畝 歩夢 | 中学大 | 3 | 1:12:46 | 8 |
| 50 | 2024 | 緒方澪那斗 | 東洋大 | 2 | 1:12:46 | 10 |
箱根駅伝 5区歴代トップ50
