総合結果
| 順位 | 大学 | 総合タイム | タイム差 |
| 1 | 東海大学 | 2:08:42 | – |
| 2 | 中央大学 | 2:09:15 | 0:33 |
| 3 | 日本体育大学 | 2:09:33 | 0:51 |
| 4 | 駒澤大学 | 2:09:35 | 0:53 |
| 5 | 日本大学 | 2:10:23 | 1:41 |
| 6 | 第一工業大学 | 2:11:02 | 2:20 |
| 7 | 京都産業大学 | 2:11:05 | 2:23 |
| 8 | 亜細亜大学 | 2:11:07 | 2:25 |
| 9 | 法政大学 | 2:11:21 | 2:39 |
| 10 | 順天堂大学 | 2:11:53 | 3:11 |
| 11 | 中央学院大学 | 2:12:02 | 3:20 |
| 12 | 神奈川大学 | 2:12:08 | 3:26 |
| 13 | 立命館大学 | 2:13:40 | 4:58 |
| 14 | 米国アイビーリーグ選抜 | 2:14:31 | 5:49 |
| 15 | 徳山大学 | 2:15:59 | 7:17 |
| 16 | 東北学連選抜 | 2:16:04 | 7:22 |
| 17 | 北海道学連選抜 | 2:16:59 | 8:17 |
| 18 | 中国四国学連選抜 | 2:19:07 | 10:25 |
| 19 | 北信越学連選抜 | 2:20:59 | 12:17 |
| 20 | 中京大学 | 2:21:04 | 12:22 |
| 21 | 鹿屋体育大学 | 2:21:25 | 12:43 |
1区
| 順位 | 大学 | 名前 | 学年 | タイム |
| 1 | 米国アイビーリーグ選抜 | ポール･モリソン | – | 23:36 |
| 2 | 法政大学 | 圓井 彰彦 | 3 | 23:41 |
| 3 | 日本大学 | 土橋 啓太 | 3 | 23:52 |
| 4 | 東海大学 | 杉本 将友 | 1 | 23:53 |
| 5 | 京都産業大学 | 森田 司 | 4 | 23:53 |
| 6 | 駒澤大学 | 藤山 哲隆 | 4 | 23:54 |
| 7 | 中央学院大学 | 木原真佐人 | 1 | 23:56 |
| 8 | 中央大学 | 奥田 実 | 3 | 23:56 |
| 9 | 亜細亜大学 | 岡田 晃 | 3 | 23:57 |
| 10 | 第一工業大学 | 中野 良平 | 1 | 23:59 |
| 11 | 立命館大学 | 田子 康宏 | 4 | 24:08 |
| 12 | 日本体育大学 | 岩崎 喬也 | 4 | 24:10 |
| 13 | 順天堂大学 | 小野 裕幸 | 1 | 24:11 |
| 14 | 東北学連選抜 | 荒 朋裕 | 3 | 24:19 |
| 15 | 中国四国学連選抜 | サムエル･ガンガ | 1 | 24:25 |
| 16 | 徳山大学 | 木田 長 | 4 | 24:27 |
| 17 | 北海道学連選抜 | 河原 伸宏 | 1 | 24:27 |
| 18 | 神奈川大学 | 小村 章悟 | 2 | 24:38 |
| 19 | 中京大学 | 原田 恵輔 | 2 | 25:12 |
| 20 | 鹿屋体育大学 | 伊藤 文彦 | 2 | 25:17 |
| 21 | 北信越学連選抜 | 川上 泰之 | 3 | 25:30 |
2区
| 順位 | 大学 | 名前 | 学年 | タイム |
| 1 | 東海大学 | 佐藤 悠基 | 1 | 16:43 |
| 2 | 京都産業大学 | 村刺 厚介 | 4 | 16:48 |
| 3 | 亜細亜大学 | 板倉 克宜 | 4 | 16:51 |
| 4 | 中央大学 | 小林 賢輔 | 3 | 16:52 |
| 5 | 駒澤大学 | 高井 和治 | 3 | 16:53 |
| 6 | 日本体育大学 | 梅枝 裕吉 | 4 | 16:55 |
| 7 | 日本大学 | 末吉 翔 | 3 | 17:07 |
| 8 | 順天堂大学 | 村上 康則 | 4 | 17:10 |
| 9 | 中央学院大学 | 信田 雄一 | 4 | 17:10 |
| 10 | 第一工業大学 | アズジ アブデラアジス | 2 | 17:16 |
| 11 | 立命館大学 | 池田 泰仁 | 4 | 17:25 |
| 12 | 神奈川大学 | 中山慎二郎 | 3 | 17:30 |
| 13 | 法政大学 | 岡田 拓也 | 4 | 17:34 |
| 14 | 米国アイビーリーグ選抜 | アラスデア マッキアン | – | 17:45 |
| 15 | 北海道学連選抜 | 大橋 祐貴 | 3 | 17:51 |
| 16 | 徳山大学 | 秋澤 潤弥 | 3 | 17:57 |
| 17 | 東北学連選抜 | 大泉 雅史 | 4 | 17:58 |
| 18 | 中国四国学連選抜 | 高橋 史人 | M1 | 17:58 |
| 19 | 鹿屋体育大学 | 矢花 之宏 | 4 | 18:13 |
| 20 | 中京大学 | 勝又 翼 | 2 | 18:26 |
| 21 | 北信越学連選抜 | 渡邉 裕介 | 4 | 19:19 |
3区
| 順位 | 大学 | 名前 | 学年 | タイム |
| 1 | 第一工業大学 | コメン･エドウィン キプコエチ | 1 | 24:30 |
| 2 | 駒澤大学 | 村上 和春 | 4 | 24:59 |
| 3 | 中央大学 | 池永 和樹 | 4 | 25:03 |
| 4 | 東海大学 | 丸山 敬三 | 4 | 25:09 |
| 5 | 京都産業大学 | 井川 重史 | 4 | 25:10 |
| 6 | 日本体育大学 | 保科 光作 | 3 | 25:14 |
| 7 | 亜細亜大学 | 綿引 一貴 | 4 | 25:15 |
| 8 | 日本大学 | 下重 正樹 | 4 | 25:27 |
| 9 | 神奈川大学 | 豊田 崇 | 3 | 25:46 |
| 10 | 法政大学 | 原田 誠 | 4 | 25:47 |
| 11 | 中央学院大学 | 杉本 芳規 | 4 | 25:50 |
| 12 | 順天堂大学 | 松瀬 元太 | 3 | 25:59 |
| 13 | 立命館大学 | 森田 知行 | 3 | 26:04 |
| 14 | 徳山大学 | 岡田 京大 | 2 | 26:46 |
| 15 | 東北学連選抜 | 三浦 雄太 | 3 | 26:48 |
| 16 | 北海道学連選抜 | 沼田 恭平 | 4 | 27:01 |
| 17 | 米国アイビーリーグ選抜 | カール･ドゥセン | – | 27:09 |
| 18 | 鹿屋体育大学 | 柳 昌光 | 4 | 27:14 |
| 19 | 中京大学 | 坂井 俊介 | 4 | 27:44 |
| 20 | 中国四国学連選抜 | 伊藤 正隆 | M1 | 27:49 |
| 21 | 北信越学連選抜 | 古荘 公久 | 2 | 28:14 |
4区
| 順位 | 大学 | 名前 | 学年 | タイム |
| 1 | 順天堂大学 | 板倉 具視 | 3 | 18:12 |
| 2 | 日本体育大学 | 熊本 剛 | 4 | 18:22 |
| 3 | 駒澤大学 | 齊藤 弘幸 | 4 | 18:22 |
| 4 | 日本大学 | 福井 誠 | 3 | 18:23 |
| 5 | 中央大学 | 宮本 竜一 | 3 | 18:29 |
| 6 | 東海大学 | 宮本 和哉 | 3 | 18:30 |
| 7 | 中央学院大学 | 大内 陽介 | 2 | 18:36 |
| 8 | 米国アイビーリーグ選抜 | パトリック･ダービー | – | 18:38 |
| 9 | 法政大学 | 山口 航 | 4 | 18:41 |
| 10 | 立命館大学 | 川上 拓哉 | 1 | 18:42 |
| 11 | 神奈川大学 | 森津 翔太 | 2 | 18:53 |
| 12 | 第一工業大学 | 前田 翼 | 3 | 18:54 |
| 13 | 亜細亜大学 | 吉田 亮太 | 3 | 18:54 |
| 14 | 京都産業大学 | 大西 毅彦 | 3 | 19:12 |
| 15 | 東北学連選抜 | 我妻 孝紀 | 3 | 19:17 |
| 16 | 徳山大学 | 東野 恒一 | 2 | 19:20 |
| 17 | 北信越学連選抜 | 沖田 修一 | 1 | 19:28 |
| 18 | 北海道学連選抜 | 榊原 学 | 5 | 19:31 |
| 19 | 中国四国学連選抜 | 惣明 宏成 | 4 | 20:02 |
| 20 | 中京大学 | 青木 晶 | 3 | 20:24 |
| 21 | 鹿屋体育大学 | 橋本 孝寛 | 2 | 20:25 |
5区
| 順位 | 大学 | 名前 | 学年 | タイム |
| 1 | 東海大学 | 皆倉 一馬 | 2 | 14:30 |
| 2 | 日本体育大学 | 鶴留 雄太 | 3 | 14:36 |
| 3 | 駒澤大学 | 平野 護 | 2 | 14:37 |
| 4 | 日本大学 | 武者 由幸 | 4 | 14:38 |
| 5 | 順天堂大学 | 佐藤 秀和 | 1 | 14:38 |
| 6 | 中央学院大学 | 江藤 裕也 | 4 | 14:40 |
| 7 | 神奈川大学 | 平本 哲也 | 4 | 14:43 |
| 8 | 法政大学 | 高嶺 秀仁 | 1 | 14:50 |
| 9 | 中央大学 | 増田 紘之 | 4 | 14:54 |
| 10 | 京都産業大学 | 藤田 昌也 | 4 | 14:55 |
| 11 | 第一工業大学 | 小林 秀寿 | 4 | 14:59 |
| 12 | 亜細亜大学 | 阿久津浩之 | 4 | 14:59 |
| 13 | 徳山大学 | 宮原 和也 | 2 | 15:02 |
| 14 | 立命館大学 | 稲井 義幸 | 4 | 15:04 |
| 15 | 東北学連選抜 | 三浦 善晃 | 3 | 15:27 |
| 16 | 北海道学連選抜 | 安楽 良太 | 2 | 15:27 |
| 17 | 北信越学連選抜 | 北川雄二郎 | 4 | 15:28 |
| 18 | 米国アイビーリーグ選抜 | マイク･ベアード | – | 15:30 |
| 19 | 中国四国学連選抜 | 正木 彬 | 3 | 15:38 |
| 20 | 中京大学 | 山川 達也 | 3 | 15:58 |
| 21 | 鹿屋体育大学 | 神田 裕章 | 1 | 16:31 |
6区
| 順位 | 大学 | 名前 | 学年 | タイム |
| 1 | 東海大学 | 伊達 秀晃 | 2 | 29:57 |
| 2 | 中央大学 | 上野裕一郎 | 2 | 30:01 |
| 3 | 日本体育大学 | 北村 聡 | 2 | 30:16 |
| 4 | 神奈川大学 | 森脇 佑紀 | 3 | 30:38 |
| 5 | 法政大学 | 田中 宏幸 | 3 | 30:48 |
| 6 | 駒澤大学 | 佐藤 慎悟 | 4 | 30:50 |
| 7 | 日本大学 | ﾃﾞｨﾗﾝｸﾞ･ｻｲﾓﾝ | 2 | 30:56 |
| 8 | 京都産業大学 | 上間 翔太 | 4 | 31:07 |
| 9 | 亜細亜大学 | 吾郷 新 | 3 | 31:11 |
| 10 | 第一工業大学 | 吉井 賢 | 4 | 31:24 |
| 11 | 順天堂大学 | 難波 祐樹 | 4 | 31:43 |
| 12 | 中央学院大学 | 篠藤 淳 | 2 | 31:50 |
| 13 | 米国アイビーリーグ選抜 | ジョッシュ オールドウェイ | – | 31:53 |
| 14 | 東北学連選抜 | ﾀﾞｸﾞﾗｽ･ﾜﾝｼﾞｬｳ | 3 | 32:15 |
| 15 | 立命館大学 | 木澤 創平 | 2 | 32:17 |
| 16 | 徳山大学 | 有田 清一 | 2 | 32:27 |
| 17 | 北海道学連選抜 | 阪部 友洋 | 1 | 32:42 |
| 18 | 北信越学連選抜 | 西塔 欣史 | 4 | 33:00 |
| 19 | 中国四国学連選抜 | 二宮 和 | 4 | 33:15 |
| 20 | 中京大学 | 鈴木 暁之 | 3 | 33:20 |
| 21 | 鹿屋体育大学 | 藤田 昇 | 3 | 33:45 |