| 順位 | タイム | 名前 | 学年 |
| 1 | 13:57.47 | 鶴川 正也 | 青山学院大 |
| 2 | 13:58.95 | 太田 蒼生 | 青山学院大 |
| 3 | 13:59.63 | 野村 昭夢 | 青山学院大 |
| 4 | 14:00.79 | 緒方 澪那斗 | 市立船橋高 |
| 5 | 14:05.45 | 若林 宏樹 | 青山学院大 |
| 6 | 14:14.47 | 白石 光星 | 青山学院大 |
| 7 | 14:20.18 | 荒巻 朋煕 | 大牟田高 |
| 8 | 14:23.78 | 山本 歩夢 | 國學院大 |
| 9 | 14:26.97 | 山平 怜生 | 中央大 |
| 10 | 14:28.20 | 徳丸 寛太 | 東海大 |
| 11 | 14:30.46 | 東原 豪輝 | 明治大 |
| 12 | 14:31.59 | 島田 拓 | 明治大 |
| 13 | 14:33.36 | 東海林 宏一 | 中央大 |
| 14 | 14:37.45 | 甲斐 涼介 | 明治大 |
| 15 | 14:38.25 | 新谷 紘ノ介 | 明治大 |
| 16 | 15:09.37 | 西 優斗 | 宮崎日大高 |
| — | DNS | 新本 駿 | 山梨学院大 |
| — | DNS | 喜早 駿介 | 東海大 |
| — | DNS | 越 陽汰 | 東海大 |
| — | DNS | 辻 文哉 | 早稲田大 |
| — | DNS | 綾 一輝 | 八千代松陰高 |
U20日本選手権2021 5000m総合結果
