| 順位 | タイム | 名前 | 学年 |
| 1 | 13:28.67 | 遠藤 日向 | 住友電工 |
| 2 | 13:30.21 | 松枝 博輝 | 富士通 |
| 3 | 13:31.46 | 坂東 悠汰 | 富士通 |
| 4 | 13:31.53 | 相澤 晃 | 旭化成 |
| 5 | 13:32.06 | 塩澤 稀夕 | 富士通 |
| 6 | 13:38.40 | 佐藤 悠基 | SGH |
| 7 | 13:38.74 | 藤本 拓 | トヨタ自動車 |
| 8 | 13:39.04 | 千明 龍之佑 | 早稲田大 |
| 9 | 13:39.67 | 高田 康暉 | 住友電工 |
| 10 | 13:44.09 | 河合 代二 | トーエネック |
| 11 | 13:44.35 | 浦野 雄平 | 富士通 |
| 12 | 13:45.72 | 鈴木 聖人 | 明治大 |
| 13 | 13:46.80 | 藤本 珠輝 | 日本体育大 |
| 14 | 13:47.65 | 的野 遼大 | 三菱重工 |
| 15 | 13:51.49 | 松村 陣之助 | コモディイイダ |
| 16 | 13:53.31 | 吉居 大和 | 中央大 |
| 17 | 13:54.69 | 竹内 颯 | 中央発條 |
| 18 | 13:55.22 | 太田 智樹 | トヨタ自動車 |
| 19 | 13:55.56 | 手嶋 杏丞 | 明治大 |
| 20 | 13:57.14 | 伊藤 大志 | 早稲田大 |
| 21 | 14:02.95 | 鈴木 塁人 | SGH |
| 22 | 14:03.44 | 吉田 圭太 | 住友電工 |
| 23 | 14:04.87 | 服部 弾馬 | トーエネック |
| 24 | 14:06.34 | 茂木 圭次郎 | 旭化成 |
| 25 | 14:18.23 | 梶原 有高 | ひらまつ病院 |
| 26 | 14:23.14 | 鎧坂 哲哉 | 旭化成 |
| 27 | 14:28.99 | 田中 秀幸 | トヨタ自動車 |
| 28 | 14:56.26 | 市田 孝 | 旭化成 |
| — | DNF | 石田 洸介 | 東洋大 |
| OP | 13:26.19 | アモス クルガト | 中電工 |
| OP | 13:20.02 | ジャクソン カベサ | Honda |