1部
| 順位 | タイム | 名前 | 学年 | 所属 |
| 1 | 3:48.57 | 三浦 龍司 | 2 | 順大 |
| 2 | 3:50.87 | 菖蒲 敦司 | 2 | 早大 |
| 3 | 3:52.14 | 居田 優太 | 2 | 中大 |
| 4 | 3:52.89 | 小島 優作 | 4 | 順大 |
| 5 | 3:53.27 | 中野 倫希 | 1 | 中大 |
| 6 | 3:53.38 | 石塚 陽士 | 1 | 早大 |
| 7 | 3:53.42 | 小林 竜也 | 3 | 筑波大 |
| 8 | 3:54.49 | 清野 太成 | 3 | 駿河台大 |
| 9 | 3:57.92 | 山田 俊輝 | 2 | 中大 |
| 10 | 3:58.44 | 甲木 康博 | 1 | 東洋大 |
| 11 | 4:02.18 | 花牟礼隆太 | 3 | 東海大 |
| 12 | 4:05.62 | 村本 龍彦 | 3 | 山梨学大 |
2部
| 順位 | タイム | 名前 | 学年 | 所属 |
| 1 | 3:50.65 | ミラー千本 真章 | 3 | 立大 |
| 2 | 3:52.99 | 蓮沼 直希 | 4 | 駒大 |
| 3 | 3:53.26 | 倉田 蓮 | 3 | 大東大 |
| 4 | 3:53.31 | 近藤 亨 | 3 | 明大 |
| 5 | 3:54.11 | 松井 尚希 | 4 | 中央学大 |
| 6 | 3:54.15 | 山内 健登 | 2 | 青学大 |
| 7 | 3:54.19 | 斎藤 俊輔 | 4 | 立大 |
| 8 | 3:54.26 | 望月 遥平 | 2 | 創価大 |
| 9 | 3:54.73 | 元村 航大 | 3 | 育英大 |
| 10 | 3:56.14 | 三潟 憲人 | 1 | 國學院大 |
| 11 | 3:57.45 | 加藤 駆 | 2 | 立大 |
| 12 | 4:01.05 | 山林 レオ | 2 | 上武大 |
