5000mトップ50
| 順位 | タイム | 名前 | 高校 | 進路 |
| 1 | 13:34.74 | 石田 洸介 | 東農大二 | 東洋 |
| 2 | 13:36.57 | 伊藤 大志 | 佐久長聖 | 早稲田 |
| 3 | 13:45.28 | 鶴川 正也 | 九州学院 | 青山学院 |
| 4 | 13:48.59 | 徳丸 寛太 | 鹿児島実 | 東海 |
| 5 | 13:48.83 | 野村 昭夢 | 鹿児島城西 | 青山学院 |
| 6 | 13:48.89 | 山本 歩夢 | 自由ケ丘 | 國學院 |
| 7 | 13:50.31 | 佐藤 榛紀 | 四日市工 | 東京国際 |
| 8 | 13:53.77 | 越 陽汰 | 佐久長聖 | 東海 |
| 9 | 13:54.88 | 尾崎 健斗 | 浜松商業 | 明治 |
| 10 | 13:55.74 | 太田 蒼生 | 大牟田高 | 青山学院 |
| 11 | 13:58.00 | 白井 勇佑 | 仙台育英 | 東京国際 |
| 12 | 13:58.77 | 若林 宏樹 | 洛南高校 | 青山学院 |
| 13 | 13:58.80 | 中原 優人 | 智辯カレッジ | 神奈川 |
| 14 | 13:58.86 | 甲斐 涼介 | 宮崎日大 | 明治 |
| 15 | 13:59.05 | 佐藤 条二 | 市立船橋 | 駒澤 |
| 16 | 13:59.32 | 新谷紘ノ介 | 世羅 | 明治 |
| 17 | 14:00.03 | 五十嵐喬信 | 水戸工業 | 東海 |
| 18 | 14:01.08 | 園田 勢 | 鳥栖工業 | 神奈川 |
| 19 | 14:01.67 | 堀田 晟礼 | 千原台高 | 中央学院 |
| 20 | 14:01.97 | 東海林 宏一 | 山形南高 | 中央 |
| 21 | 14:02.80 | 倉掛 響 | 小林高校 | 東京国際 |
| 22 | 14:03.38 | 島田 拓 | 札幌山の手 | 明治 |
| 23 | 14:03.41 | 平林 清澄 | 美方高校 | 國學院 |
| 24 | 14:04.18 | 山平 怜生 | 仙台育英 | 中央 |
| 25 | 14:04.93 | 中川 雄太 | 秋田工業 | 國學院 |
| 26 | 14:05.07 | 冨永 昌輝 | 小林高校 | 東京国際 |
| 27 | 14:05.34 | 植松 孝太 | 佐久長聖 | 日体大 |
| 28 | 14:05.38 | 梶谷 優斗 | 滋賀学園 | 東海 |
| 29 | 14:05.71 | 新井 晴文 | 國學院久我山 | 明治 |
| 30 | 14:06.28 | 吉田 礼志 | 拓大紅陵 | 中央学院 |
| 31 | 14:07.10 | 田中 悠登 | 敦賀気比 | 青山学院 |
| 32 | 14:07.59 | 吉本 真啓 | 世羅高校 | 駒澤 |
| 33 | 14:08.00 | 神谷 青輝 | 大牟田高 | 順天堂 |
| 34 | 14:08.01 | 水野 龍志 | 小林高校 | 東海 |
| 35 | 14:08.15 | 田中 廉 | 大牟田高 | 日体大 |
| 36 | 14:08.30 | 亘理 魁 | 水城高校 | 駒澤 |
| 37 | 14:08.62 | 宮岡 幸大 | 宇和島東 | 法政 |
| 38 | 14:08.79 | 石塚 陽士 | 早稲田実 | 早稲田 |
| 39 | 14:10.12 | 大森 駿斗 | 智辯カレッジ | 立命館 |
| 40 | 14:10.23 | 小原 快都 | 仙台育英 | 神奈川 |
| 41 | 14:10.39 | 内藤 一輝 | 洛南高校 | 帝京 |
| 42 | 14:12.03 | 河野 琉威 | 鶴崎工業 | トヨタ自動車九州 |
| 43 | 14:12.04 | 白石 光星 | 東北高校 | 青山学院 |
| 44 | 14:12.20 | 甲木 康博 | 城西高校 | 東洋 |
| 45 | 14:12.20 | 矢萩 一揮 | 倉敷高校 | 中央 |
| 46 | 14:12.91 | 林 虎大朗 | 大牟田高 | 立教 |
| 47 | 14:13.03 | 西槇 駿祐 | 学法石川 | 日体大 |
| 48 | 14:13.35 | 喜多村 慧 | 須磨学園 | 青山学院 |
| 49 | 14:13.81 | 古旗 朝輝 | 佐久長聖 | 東京国際 |
| 50 | 14:13.89 | 牛 誠偉 | 浜松商業 | 東京国際 |
進路先別まとめ
| 進路 | 人数 |
| 青山学院 | 7 |
| 東京国際 | 6 |
| 東海 | 5 |
| 明治 | 5 |
| 駒澤 | 3 |
| 神奈川 | 3 |
| 中央 | 3 |
| 日体大 | 3 |
| 國學院 | 3 |
| 早稲田 | 2 |
| 中央学院 | 2 |
| 東洋 | 2 |
| トヨタ自動車九州 | 1 |
| 順天堂 | 1 |
| 帝京 | 1 |
| 法政 | 1 |
| 立教 | 1 |
| 立命館 | 1 |
