| 順位 | 高校 | タイム | トップ差 |
| 1 | 世羅 | 1:07:13 | |
| 2 | 神村学園 | 1:07:38 | 0:25 |
| 3 | 仙台育英 | 1:07:48 | 0:35 |
| 4 | 北九州市立 | 1:08:08 | 0:55 |
| 5 | 立命館宇治 | 1:08:19 | 1:06 |
| 6 | 須磨学園 | 1:08:28 | 1:15 |
| 7 | 大阪薫英女 | 1:08:51 | 1:38 |
| 8 | 学法石川 | 1:09:15 | 2:02 |
| 9 | 常磐 | 1:09:27 | 2:14 |
| 10 | 興譲館 | 1:09:35 | 2:22 |
| 11 | 成田 | 1:10:00 | 2:47 |
| 12 | 千原台 | 1:10:16 | 3:03 |
| 13 | 安城学園 | 1:10:22 | 3:09 |
| 14 | 小林 | 1:10:36 | 3:23 |
| 15 | 西京 | 1:10:39 | 3:26 |
| 16 | 昌平 | 1:10:42 | 3:29 |
| 17 | 諫早 | 1:10:48 | 3:35 |
| 18 | 青森山田 | 1:10:53 | 3:40 |
| 19 | 宇都宮文星 | 1:10:58 | 3:45 |
| 20 | 長野東 | 1:11:02 | 3:49 |
| 21 | 橘 | 1:11:19 | 4:06 |
| 22 | 大分東明 | 1:11:39 | 4:26 |
| 23 | 白石 | 1:11:41 | 4:28 |
| 24 | 錦城学園 | 1:11:45 | 4:32 |
| 25 | 平田 | 1:11:57 | 4:44 |
| 26 | 鯖江 | 1:12:03 | 4:50 |
| 27 | 山梨学院 | 1:12:25 | 5:12 |
| 28 | 常葉大菊川 | 1:12:28 | 5:15 |
| 29 | 美濃加茂 | 1:12:33 | 5:20 |
| 30 | 八幡浜 | 1:12:38 | 5:25 |
| 31 | 茨城キリスト | 1:12:43 | 5:30 |
| 32 | 富山商 | 1:12:46 | 5:33 |
| 33 | 星稜 | 1:12:53 | 5:40 |
| 34 | 智弁和歌山 | 1:12:55 | 5:42 |
| 35 | 智弁カレッジ | 1:12:58 | 5:45 |
| 36 | 山田 | 1:13:07 | 5:54 |
| 37 | 比叡山 | 1:13:29 | 6:16 |
| 38 | 旭川龍谷 | 1:13:38 | 6:25 |
| 39 | 山形城北 | 1:13:43 | 6:30 |
| 40 | 盛岡誠桜 | 1:13:59 | 6:46 |
| 41 | 新潟明訓 | 1:14:56 | 7:43 |
| 42 | 鳥取城北 | 1:16:21 | 9:08 |
| 43 | 秋田北鷹 | 1:16:25 | 9:12 |
| 44 | 富岡東 | 1:16:25 | 9:12 |
| 45 | 津商 | 1:17:23 | 10:10 |
| 46 | 高松工芸 | 1:18:44 | 11:31 |
| 47 | 名護 | 1:20:11 | 12:58 |