トップ50
| 順位 | タイム | 氏名 | 所属 | 大会 | 日付 |
| 1 | 13:08.40 | 大迫 傑 | Nike | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2015/07/18 |
| 2 | 13:10.69 | 遠藤日向 | 住友電工 | GGN | 2022/05/04 |
| 3 | 13:12.63 | 鎧坂哲哉 | 旭化成 | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2015/07/18 |
| 4 | 13:13.20 | 松宮隆行 | ｺﾆｶﾐﾉﾙﾀ | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2007/07/28 |
| 5 | 13:13.40 | 高岡寿成 | ｶﾈﾎﾞｳ | Hechtel(ﾍﾞﾙｷﾞｰ) | 1998/08/01 |
| 6 | 13:13.60 | 佐藤悠基 | 日清食品ｸ | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2013/07/13 |
| 7 | 13:16.53 | 塩尻和也 | 富士通 | ｴﾃﾞｨｵﾝﾃﾞｨｽﾀﾝｽ ﾁｬﾚﾝｼﾞ | 2021/12/10 |
| 8 | 13:17.79 | 伊藤達彦 | Honda | GGN | 2023/05/04 |
| 9 | 13:18.32 | 三津谷祐 | ﾄﾖﾀ自動車九州 | GGN | 2007/05/26 |
| 10 | 13:18.49 | 坂東悠汰 | 富士通 | 日本選手権 | 2020/12/04 |
| 11 | 13:19.00 | 竹澤健介 | 早稲田大 | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2007/07/28 |
| 12 | 13:19.62 | 村山紘太 | 旭化成 | GGN | 2015/05/09 |
| 13 | 13:19.96 | 砂岡拓磨 | 城西大 | ｴﾃﾞｨｵﾝﾃﾞｨｽﾀﾝｽ ﾁｬﾚﾝｼﾞ | 2021/12/10 |
| 14 | 13:20.11 | 太田智樹 | ﾄﾖﾀ自動車 | ﾎｸﾚﾝDC網走 | 2023/07/08 |
| 15 | 13:21.18 | 清水歓太 | SUBARU | 日本選手権 | 2023/06/01 |
| 16 | 13:21.49 | 上野裕一郎 | 中央大 | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2007/07/28 |
| 17 | 13:21.81 | 青木涼真 | Honda | 実業団陸上 | 2021/09/26 |
| 18 | 13:22.01 | 吉居駿恭 | 中央大 | ｱｽﾚﾁｯｸｽCC | 2023/09/30 |
| 19 | 13:22.12 | 入船 敏 | ｶﾈﾎﾞｳ | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2001/07/14 |
| 20 | 13:22.60 | 田澤簾 | 駒澤大 | 金栗記念中長距離 | 2022/04/09 |
| 21 | 13:22.72 | 田中秀幸 | ﾄﾖﾀ自動車 | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2019/07/20 |
| 22 | 13:22.91 | 佐藤圭汰 | 駒澤大 | GGN | 2022/05/04 |
| 23 | 13:22.97 | 米重修一 | JPNJPN | ロンドン | 1988/07/08 |
| 24 | 13:22.99 | 吉岡大翔 | 佐久長聖 | 日体大長距離会 | 2022/11/13 |
| 25 | 13:23.15 | 渡邊和也 | 四国電力 | GGN | 2011/05/28 |
| 26 | 13:23.41 | 小林 歩 | NTT西日本 | ﾎｸﾚﾝ千歳 | 2022/07/16 |
| 27 | 13:23.49 | 花田勝彦 | ヱｽﾋﾞｰ食品 | Maia (ﾎﾟﾙﾄｶﾞﾙ) | 1999/07/03 |
| 28 | 13:23.94 | 小袖英人 | Honda | 実業団陸上 | 2021/09/26 |
| 29 | 13:24.11 | 中野翔太 | 中央大 | On Track Night Vienna | 2023/06/17 |
| 30 | 13:24.14 | 池田耀平 | KAO | On Track Night Vienna | 2023/06/17 |
| 31 | 13:24.29 | 瀬古利彦 | ヱｽﾋﾞｰ食品 | ロンドン | 1986/07/11 |
| 32 | 13:24.29 | 松枝博輝 | 富士通 | ﾎｸﾚﾝ千歳 | 2020/07/18 |
| 33 | 13:24.38 | 田村和希 | 住友電工 | 日本選手権 | 2023/06/01 |
| 34 | 13:24.44 | 塩澤稀夕 | 富士通 | 日本選手権 | 2023/06/01 |
| 35 | 13:24.55 | 鈴木芽吹 | 駒澤大 | ﾎｸﾚﾝ千歳 | 2023/07/15 |
| 36 | 13:24.69 | 新宅雅也 | ヱｽﾋﾞｰ食品 | 東京 | 1982/09/24 |
| 37 | 13:25.24 | 前田和浩 | 九電工 | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2008/07/20 |
| 38 | 13:25.41 | 鎌田俊明 | ｶﾈﾎﾞｳ | ストックホルム | 1977/07/05 |
| 39 | 13:25.54 | 清水大輔 | ｶﾈﾎﾞｳ | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2012/07/07 |
| 40 | 13:25.72 | 池谷寛之 | 本田技研 | Hechtel(ﾍﾞﾙｷﾞｰ) | 2000/08/05 |
| 41 | 13:25.87 | 吉居大和 | 中央大 | 日本選手権 | 2020/12/04 |
| 42 | 13:26.19 | 徳本一善 | 日清食品 | 大阪国際 | 2003/05/10 |
| 43 | 13:26.53 | 渡辺康幸 | 早稲田大 | ロンドン | 1994/07/15 |
| 44 | 13:26.55 | 森口達也 | 神戸製鋼 | Oslo (ﾉﾙｳｪｰ) | 1981/06/26 |
| 45 | 13:26.78 | 岩佐敏弘 | 大塚製薬 | ﾅｲﾄｵﾌﾞｱｽﾚﾁｯｸｽ | 2003/08/02 |
| 46 | 13:26.78 | 三浦龍司 | 順天堂大 | ﾎｸﾚﾝ北見 | 2021/07/14 |
| 47 | 13:26.80 | 平塚潤 | ヱｽﾋﾞｰ食品 | ロンドン | 1994/07/15 |
| 48 | 13:26.84 | 瀬戸智弘 | ｶﾈﾎﾞｳ | 大阪国際G | 2003/05/10 |
| 49 | 13:27.34 | 藤本拓 | ﾄﾖﾀ自動車 | 中京大記録会 | 2020/09/25 |
| 50 | 13:27.44 | 喜多秀喜 | 神戸製鋼 | ストックホルム | 1977/07/05 |