| 順位 | 名前 | 所属 | タイム | メモ |
| 1 | 坂東 悠汰 | 富士通 | 13:18.49 | PB |
| 2 | 松枝 博輝 | 富士通 | 13:24.78 | |
| 3 | 吉居 大和 | 中央大 | 13:25.87 | U20記録・PB |
| 4 | 川瀬 翔矢 | 皇學館大 | 13:28.70 | PB |
| 5 | 松村 陣之助 | コモディイイダ | 13:34.53 | PB |
| 6 | 森田 佳祐 | 小森コーポレーション | 13:34.57 | PB |
| 7 | 梶原 有高 | ひらまつ病院 | 13:35.24 | PB |
| 8 | 的野 遼大 | 三菱重工 | 13:35.63 | PB |
| 9 | 羽生 拓矢 | トヨタ紡織 | 13:35.88 | PB |
| 10 | 竹内 大地 | トーエネック | 13:40.77 | PB |
| 11 | 小山 直城 | Honda | 13:41.76 | |
| 12 | 古賀 淳紫 | 安川電機 | 13:44.40 | |
| 13 | 上野 裕一郎 | ｾﾝﾄﾎﾟｰﾙｸﾗﾌﾞ | 13:45.28 | |
| 14 | 田中 秀幸 | トヨタ自動車 | 13:46.78 | |
| 15 | 服部 弾馬 | トーエネック | 13:47.86 | |
| 16 | 中西 亮貴 | トーエネック | 13:50.29 | |
| 17 | 小指 卓也 | 早稲田大 | 13:58.30 | |
| 18 | 橋爪 孝安 | SGH | 13:59.37 | |
| 19 | 藤本 珠輝 | 日本体育大 | 14:00.16 | |
| 20 | 桃澤 大祐 | サン工業 | 14:00.53 | |
| 21 | 中西 玄気 | 愛三工業 | 14:02.34 | |
| 22 | 高田 康暉 | 住友電工 | 14:09.53 | |
| 23 | 近藤 秀一 | GMO | 14:15.40 | |
| 24 | 市川 孝徳 | 日立物流 | 14:29.18 | |
| DNF | 浅岡 満憲 | 日立物流 | ー | |
| ー | クルガド | 中電工 | 13:21.39 | OP |
| ー | ソゲット | Honda | 13:20.55 | OP |
| ー | キメリ | 富士通 | 13:24.53 | OP |