| 順位 | タイム | 大学 |
| 1 | 5:12:58 | 駒澤大 |
| 2 | 5:13:06 | 青山学院大 |
| 3 | 5:14:20 | 順天堂大 |
| 4 | 5:14:53 | 國學院大 |
| 5 | 5:15:13 | 東京国際大 |
| 6 | 5:16:29 | 早稲田大 |
| 7 | 5:16:46 | 明治大 |
| 8 | 5:17:06 | 中央大 |
| 9 | 5:17:39 | 法政大 |
| 10 | 5:17:58 | 東洋大 |
| 11 | 5:19:09 | 中央学院大 |
| 12 | 5:19:10 | 東海大 |
| 13 | 5:19:51 | 帝京大 |
| 14 | 5:22:31 | 拓殖大 |
| 15 | 5:24:15 | 日本学連選抜 |
| 16 | 5:27:58 | 日本体育大 |
| 17 | 5:31:01 | 関西学院大 |
| 18 | 5:31:09 | 皇學館大 |
| 19 | 5:31:28 | 立命館大 |
| 20 | 5:33:17 | 大阪経済大 |
| 21 | 5:37:13 | 札幌学院大 |
| 22 | 5:38:18 | 岐阜協立大 |
| 23 | 5:40:20 | 環太平洋大 |
| 24 | 5:41:52 | 東北大 |
| 25 | 5:42:04 | 東海学連選抜 |
| 26 | 5:42:17 | 第一工科大 |
| 27 | 5:45:08 | 信州大 |
全日本大学駅伝2021 総合結果
