男子A組
| 順位 | 氏名 | 所属 | タイム |
| 1 | 3:41.62 | 佐久間 秀徳 | 明治大 |
| 2 | 3:42.49 | 楠 康成 | 阿見AC |
| 3 | 3:43.08 | 青木 涼真 | Honda |
| 4 | 3:43.30 | 飯島 陸斗 | 阿見AC |
| 5 | 3:43.32 | 服部 凱杏 | 立教大 |
| 6 | 3:44.75 | 千葉 直輝 | SGH |
| 7 | 3:45.18 | 杉本 龍陽 | 明治大 |
| 8 | 3:45.21 | 安倍 優紀 | 東海大 |
| 9 | 3:45.84 | 金子 魅玖人 | 中央大 |
| 10 | 3:46.90 | 田母神 一喜 | 阿見AC |
| 11 | 3:47.73 | 石井 優樹 | ＮＴＴ西日本 |
| 12 | 3:48.25 | 秦 将吾 | 大塚製薬 |
| 13 | 3:48.49 | 馬場 勇一郎 | 明治大 |
| 14 | 3:49.05 | 館澤 亨次 | DeNA |
| — | — | 瀬戸口 大地 | アースグロー |
男子B組
| 順位 | 氏名 | 所属 | タイム |
| 1 | 3:47.31 | 蓮沼 直希 | 駒澤大 |
| 2 | 3:48.37 | 篠原 倖太朗 | 駒澤大 |
| 3 | 3:49.68 | 栗原 直央 | 城西大 |
| 4 | 3:49.91 | 林 晃耀 | 城西大 |
| 5 | 3:50.08 | 斎藤 俊輔 | 立教大 |
| 6 | 3:50.57 | 石川 聖也 | 川崎市陸協 |
| 7 | 3:50.77 | 田村 丈哉 | 千葉陸協 |
| 8 | 3:51.01 | 荒川 諒丞 | サンベルクス |
| 9 | 3:51.40 | 伊藤 健太 | 東京陸協 |
| 10 | 3:53.48 | 村本 龍彦 | 山梨学院大 |
| 11 | 3:56.60 | 梅谷 健太 | サンベルクス |
| 12 | 3:57.41 | 中嶋 光柾 | 札幌学院大 |
| 13 | 3:57.55 | 廣澤 優斗 | 日本体育大 |
| 14 | 3:58.05 | 望月 遥平 | 創価大 |
| 15 | 3:58.05 | 加藤 大成 | 山梨学院大 |
| 16 | 3:58.62 | 大栁 達哉 | 札幌学院大 |
| — | DNS | 田中 蒼大 | 筑波大 |
