1組目
| 順位 | タイム | 名前 | 学年 |
| 1 | 3:52.13 Q | 溝口 仁 | 東海大 |
| 2 | 3:52.28 Q | 舟津 彰馬 | 九電工 |
| 3 | 3:52.39 Q | 森田 佳祐 | 小森コーポ |
| 4 | 3:52.43 Q | 飯島 陸斗 | 阿見AC |
| 5 | 3:52.47 Q | 飯澤 千翔 | 東海大 |
| 6 | 3:52.71 | 前田 恋弥 | カネボウ |
| 7 | 3:53.05 | 佐久間 秀徳 | 明治大 |
| 8 | 3:54.16 | 茂木 亮太 | 住友電工 |
| 9 | 3:54.47 | 森谷 公亮 | Santen |
| 10 | 3:55.31 | 岩﨑 祐也 | 大阪ガス |
| 11 | 3:55.99 | 石川 昌樹 | 横浜国立大 |
| 12 | 3:56.30 | 石塚 陽士 | 早稲田大 |
| 13 | 3:57.54 | 竹内 大地 | トーエネック |
| 14 | 4:01.04 | 戸田 雅稀 | SGH |
| 15 | 4:14.11 | 千葉 直輝 | SGH |
2組目
| 順位 | タイム | 名前 | 学年 |
| 1 | 3:42.07 Q | 館澤 亨次 | DeNA |
| 2 | 3:42.46 Q | 荒井 七海 | Honda |
| 3 | 3:42.70 Q | 木村 理来 | 愛三工業 |
| 4 | 3:43.03 Q | 河村 一輝 | トーエネック |
| 5 | 3:43.13 Q | 佐藤 圭汰 | 洛南高 |
| 6 | 3:43.39 q | 服部 凱杏 | 立教大 |
| 7 | 3:43.95 q | 高橋 佑輔 | 北海道大 |
| 8 | 3:45.21 | 中井 啓太 | 環太平洋大 |
| 9 | 3:46.12 | 馬場 勇一郎 | 明治大 |
| 10 | 3:47.45 | 甲木 康博 | 東洋大 |
| 11 | 3:49.54 | ミラー千本 真章 | 立教大 |
| 12 | 3:49.59 | 山田 俊輝 | 中央大 |
| 13 | 3:50.63 | 大竹 康平 | レデイ薬局 |
| 14 | 3:52.92 | 秦 将吾 | 大塚製薬 |
| 15 | 3:55.99 | 才記 壮人 | 関彰商事 |
| 16 | 4:00.48 | 石井 優樹 | NTT西日本 |
