12組
| 順位 | 名前 | 所属 | タイム |
| 1 | 14:16.50 | 溝口 仁 | 東海大学 |
| 2 | 14:19.82 | 野島 健太 | 流経大柏高 |
| 3 | 14:26.38 | 澁谷 宥介 | 東京陸協 |
| 4 | 14:27.05 | 永洞 和季 | 東海大 |
| 5 | 14:27.62 | 福井 悠斗 | 東京経済大 |
| 6 | 14:27.74 | 横川 巧 | JR東日本 |
| 7 | 14:28.40 | 片山 宗哉 | 愛知高 |
| 8 | 14:28.68 | 折笠 亮太 | 中央学院高 |
| 9 | 14:29.47 | 中島 琢登 | 鹿児島工業高 |
| 10 | 14:29.84 | 山本 泰輝 | 日体大柏高 |
| 11 | 14:30.97 | 藤井 空大 | 西脇工業高校 |
| 12 | 14:31.67 | 松村 晴生 | 大東文化大学 |
| 13 | 14:31.94 | 佐々木 匠太 | 駿河台大 |
| 14 | 14:31.95 | 河合 拓巳 | 駿河台大 |
| 15 | 14:32.18 | 野島 悠太 | 流経大柏高 |
| 16 | 14:32.46 | 竹尾 泰哉 | 東京経済大 |
| 17 | 14:32.82 | 岩田 悠希 | oPAC |
| 18 | 14:34.15 | 中村 颯汰 | 愛知高 |
| 19 | 14:35.81 | 須田 大志 | 桜美林大 |
| 20 | 14:36.15 | 平松 幸記 | 立正大 |
| 21 | 14:41.09 | 永井 友也 | びわこ学院大 |
| 22 | 14:41.52 | 菅沼 蒼太 | 上伊那農業高 |
| 23 | 14:41.70 | 田中 駿祐 | 東京国際大 |
| 24 | 14:41.88 | 野中 恒亨 | 浜松工業高 |
| 25 | 14:42.39 | 佐竹 勇樹 | 大東文化大 |
| 26 | 14:42.59 | 外間 勇太 | JTARC |
| 27 | 14:44.14 | 杉浦 樹 | 亜細亜大 |
| 28 | 14:45.30 | 友村 俊介 | 武蔵野学院大 |
| 29 | 14:48.85 | 荒堀 太一郎 | 関西学院大 |
| 30 | 14:52.97 | 婦木 拓実 | 西脇工業高 |
| 31 | 14:53.20 | 五十嵐 優汰 | 筑波大 |
| 32 | 14:55.70 | 水戸 周平 | サンベルクス |
| 33 | 14:57.01 | 梶山 拓郎 | 流通経済大 |
| 34 | 14:59.04 | 川名 皓詠 | 駿河台大 |
| 35 | 15:01.08 | 松嶋 陸 | 立命館大 |
| 36 | 15:02.02 | 塩田 大空 | 西脇工業高 |
| 37 | 15:22.31 | 中津川 亮 | 日本体育大 |
| — | DNS | 永岡 佑樹 | 東京国際大 |
| — | DNS | 谷川 純也 | 札幌学院大 |
| — | DNS | 大柳 達哉 | 札幌学院大 |
| — | DNS | 大橋 正昊 | 札幌山の手高 |
| — | DNS | 辻本 幸翼 | 札幌山の手高 |
| — | DNS | 高橋 海 | 利府高 |
| — | DNS | 榊原 巧 | 東北高 |
| — | DNS | 芹澤 昭紀 | サンベルクス |
| — | DNS | 内田 昌寛 | 藤沢市陸協 |
13組
| 順位 | 名前 | 所属 | タイム |
| 1 | 14:00.79 | 山本 竜也 | 八千代工業 |
| 2 | 14:02.96 | 境 勇樹 | 帝京大学 |
| 3 | 14:03.69 | 赤平 大輔 | プレス工業 |
| 4 | 14:05.87 | 阿部 飛雄馬 | 東京大学大学院 |
| 5 | 14:06.49 | 橋口 大希 | 日本大学 |
| 6 | 14:10.72 | 砂田 晟弥 | プレス工業 |
| 7 | 14:11.41 | 宮﨑 勇将 | JR東日本 |
| 8 | 14:16.19 | 青木 瑠郁 | 健大高崎高 |
| 9 | 14:17.34 | 藤村 行央 | 住友電工 |
| 10 | 14:18.32 | 井手 翔琉 | 関西学院大 |
| 11 | 14:20.08 | 三浦 剛 | 芝浦工業大学 |
| 12 | 14:20.25 | 鈴木 康也 | 拓殖大学紅陵高 |
| 13 | 14:20.67 | 真船 恭輔 | 八千代工業 |
| 14 | 14:20.89 | 髙山 匠也 | 鳥栖工業高 |
| 15 | 14:21.74 | 佐久間 裕己 | 国士舘大 |
| 16 | 14:22.43 | 野中 拓海 | 関東学院大 |
| 17 | 14:22.69 | 日野原 智也 | 帝京大 |
| 18 | 14:22.76 | 今井 隆生 | 駿河台大 |
| 19 | 14:24.77 | 馬場 勇一郎 | 明治大 |
| 20 | 14:25.33 | 吉野 貴大 | JR東日本 |
| 21 | 14:25.64 | 湯川 達矢 | びわこ学院大 |
| 22 | 14:30.07 | 杉岡 洸樹 | びわこ学院大 |
| 23 | 14:33.22 | 多喜端 夕貴 | NTN |
| 24 | 14:34.45 | 白川 大地 | 桜美林大 |
| 25 | 14:36.22 | 黒田 航世 | 立教大 |
| 26 | 14:37.62 | 稲田 光希 | 明治大 |
| 27 | 14:37.94 | 田中 龍之介 | 関東学院大 |
| 28 | 14:38.12 | 前田 颯真 | 関西大 |
| 29 | 14:39.00 | 石川 龍芽 | 名経大高蔵高 |
| 30 | 14:39.41 | 藤本 浩太郎 | 関西学院大 |
| 31 | 14:42.60 | 酒井 耀史 | 明治大 |
| 32 | 14:44.05 | 千代島 宗汰 | 鳥栖工業高 |
| 33 | 14:47.10 | 橋本 基紀 | 明治大 |
| 34 | 14:48.57 | 阪本 大貴 | 駿河台大 |
| 35 | 14:49.64 | 盛重 完英 | 桜美林大 |
| 36 | 14:54.63 | 杉山 魁声 | 筑波大 |
| 37 | 14:54.92 | ミラー千本 真章 | 立教大 |
| 38 | 14:55.13 | 谷口 賢 | 日本大 |
| 39 | 15:16.36 | 金城 快 | 立教大 |
| — | DNS | 中武 泰希 | 創価大 |
| — | DNS | 平田 晃司 | 創価大 |
| — | DNS | 高橋 彰太 | 東北高 |
| — | DNS | 田中 純 | 城西大学附属城西高 |
| — | DNS | 上土井 雅大 | JR東日本 |
14組
| 順位 | 名前 | 所属 | タイム |
| 1 | 14:06.28 | 吉田 礼志 | 拓殖大学紅陵高 |
| 2 | 14:07.52 | 佐久間 秀徳 | 明治大 |
| 3 | 14:08.46 | 山下 洸 | NTN |
| 4 | 14:09.66 | 村越 凌太 | 日本体育大 |
| 4 | 14:09.66 | 山田 俊輝 | 中央大 |
| 6 | 14:10.10 | 大澤 智樹 | 創価大 |
| 7 | 14:10.54 | 内野 李彗 | 関東学院大 |
| 8 | 14:10.82 | 原田 宗市 | 武蔵野学院大 |
| 9 | 14:11.55 | 小久保 星音 | びわこ学院大 |
| 10 | 14:12.11 | 甘崎 勝 | 帝京大学 |
| 11 | 14:12.93 | 今村 俊 | プレス工業 |
| 12 | 14:13.11 | 井上 雄斗 | 愛知陸協 |
| 13 | 14:13.31 | 長嶋 幸宝 | 西脇工業高 |
| 14 | 14:13.39 | 樋田 侑司 | 東京経済大 |
| 15 | 14:13.80 | 茂木 亮太 | 住友電工 |
| 16 | 14:13.94 | 廣澤 優斗 | 日本体育大 |
| 17 | 14:14.50 | 難波 皓平 | 小森コーポレーション |
| 18 | 14:16.23 | 内田 賢利 | 立教大 |
| 19 | 14:16.39 | 西 純平 | 旭化成守山 |
| 20 | 14:16.50 | 市川 大輝 | 立教大 |
| 21 | 14:17.44 | 舩田 圭吾 | 武蔵野学院大 |
| 22 | 14:17.78 | 新井 康平 | サンベルクス |
| 23 | 14:18.61 | 鈴木 雄太 | 立命館大 |
| 24 | 14:23.18 | 成瀬 隆一郎 | 神奈川大 |
| 25 | 14:24.03 | 森 智哉 | 中央大 |
| 26 | 14:27.08 | 宮澤 徹 | 立教大 |
| 27 | 14:30.99 | 越川 堅太 | 日立物流 |
| 28 | 14:31.44 | 鈴木 隆介 | 名経大高蔵高 |
| 29 | 14:32.37 | 岸本 健太郎 | 立教大 |
| 30 | 14:34.43 | 永田 一輝 | 立命館大 |
| 31 | 14:36.70 | 本村 翔太 | 名経大高蔵高 |
| 32 | 14:41.59 | 千葉 廉也 | 明治学院大 |
| 33 | 14:42.76 | 白瀬 賢也 | 立教大 |
| 34 | 14:43.26 | 小林 龍太 | 中央大 |
| 35 | 14:49.26 | 西川 優太 | 滋賀学園高 |
| 36 | 14:57.87 | 吉村 直人 | 愛知製鋼 |
| 37 | 15:25.20 | 嶋谷 鐘二郎 | 関西大 |
| — | DNS | 松本 直樹 | 創価大 |
| — | DNS | 鈴木 健太 | 関東学院大 |
| — | DNS | 大川 歩夢 | 東京経済大 |
| — | DNS | 野澤 巧理 | 東京国際大 |
| — | DNS | 谷口 辰煕 | 大東文化大 |
| — | DNS | 坂口 歩 | 亜細亜大 |
| — | DNS | 蒲田 陽生 | 中央学院高 |
| — | DNS | イブラヒム | 札幌山の手高 |
| — | DNS | 神田 大地 | 東北高校 |
| — | DNS | 福村 拳太 | ラフィネ |
| — | DNS | 親崎 達朗 | 新電元工業 |
| — | DNS | 國行 麗生 | 大塚製薬 |
15組
| 順位 | 名前 | 所属 | タイム |
| 1 | 13:55.17 | 小林 航央 | 新電元工業 |
| 2 | 13:56.22 | 川田 信 | 関西学院大 |
| 3 | 13:57.02 | 山田 泰史 | 日本文理大 |
| 4 | 13:57.97 | 中山 顕 | Honda |
| 5 | 13:58.93 | 内田 健太 | 埼玉医科大学 |
| 6 | 13:59.27 | 山田 翔太 | プレス工業 |
| 7 | 13:59.31 | 緒方 澪那斗 | 市立船橋高 |
| 8 | 13:59.89 | 熊谷 光 | ラフィネ |
| 9 | 14:01.00 | 村松 敬哲 | 東京国際大 |
| 10 | 14:01.97 | 東海林 宏一 | 山形南高 |
| 11 | 14:02.38 | 福住 賢翔 | 日本体育大 |
| 12 | 14:02.53 | 的場 亮太 | 小森コーポレーション |
| 13 | 14:03.41 | 平林 清澄 | 美方高校 |
| 14 | 14:05.59 | 小室 翼 | 愛知製鋼 |
| 15 | 14:07.74 | 杉保 滉太 | 麗澤大学 |
| 16 | 14:07.97 | 井下 裕貴 | 川越市陸協 |
| 17 | 14:09.94 | 横山 諒 | スズキ |
| 18 | 14:10.48 | 山川 拓馬 | 上伊那農業高 |
| 19 | 14:10.97 | 稲田 翔威 | コトブキヤ |
| 20 | 14:11.22 | 高畑 凌太 | 立命館大 |
| 21 | 14:12.77 | 佐藤 条二 | 市立船橋高校 |
| 22 | 14:13.00 | 橋本 大輝 | 明治大学 |
| 23 | 14:13.61 | 菊地 駿介 | 大東文化大学 |
| 24 | 14:14.56 | 鴇澤 駿介 | 埼玉医科大学 |
| 25 | 14:15.89 | 甲木 康博 | 城西大学附属城西高 |
| 26 | 14:17.05 | 加藤 駆 | 立教大学 |
| 27 | 14:17.58 | 漆畑 徳輝 | 日本体育大 |
| 28 | 14:20.04 | 飯野 汰一 | オールガッツ |
| 29 | 14:23.90 | 水金 大亮 | 日本体育大 |
| 30 | 14:25.08 | 茂原 大悟 | 群馬陸協 |
| 31 | 14:27.81 | 中原 佑仁 | サンベルクス |
| 32 | 14:27.96 | 村澤 明伸 | 日清食品 |
| 33 | 14:31.38 | 佐藤 良祐 | 関西学院大 |
| 34 | 14:34.55 | 蛭田 雄大 | NTN |
| 35 | 14:36.56 | 川端 拳史 | 東京国際大 |
| 36 | 14:42.69 | ムワンギ | 開志国際高 |
| 37 | 15:03.53 | 滝口 諒 | 埼玉医科大学 |
| 38 | 15:09.85 | 大久保 泰貴 | 埼玉医科大学 |
| 39 | 15:10.33 | 福岡 海統 | 埼玉医科大学 |
| — | DNS | 杉本 龍陽 | 明治大学 |
| — | DNS | 井上 亮真 | びわこ学院大 |
| — | DNS | 島田 拓 | 札幌山の手高 |
| — | DNS | 山口 弘晃 | 埼玉医科大学グループ |
| — | DNS | 戸田 雅稀 | サンベルクス |
| — | DNS | 冨田 三貴 | ラフィネ |
| — | DNS | 山中 秀仁 | Honda |
16組
| 順位 | 名前 | 所属 | タイム |
| 1 | 13:24.55 | サムウェル | カネボウ |
| 2 | 13:25.65 | カマウ | 武蔵野学院大 |
| 3 | 13:26.70 | ムソニ ムイル | JR東日本 |
| 4 | 13:26.96 | カランジャ | NTN |
| 5 | 13:27.42 | サイモン | 中央発條 |
| 6 | 13:39.16 | キサイサ | 大分東明高 |
| 7 | 13:39.72 | キベット | SGH |
| 8 | 13:40.70 | レダマ | カネボウ |
| 9 | 13:41.62 | 河村 一輝 | トーエネック |
| 10 | 13:43.77 | ムオキ | コニカミノルタ |
| 11 | 13:44.06 | 坂口 裕之 | 住友電工 |
| 12 | 13:44.70 | ロキア | 富士通 |
| 13 | 13:45.08 | 西池 和人 | コニカミノルタ |
| 14 | 13:46.66 | 秦 将吾 | 大塚製薬 |
| 15 | 13:46.84 | 今江 勇人 | 千葉大学院 |
| 16 | 13:48.25 | 石川 裕之 | 愛三工業 |
| 17 | 13:48.83 | 須崎 大輝 | トーエネック |
| 18 | 13:48.97 | 荒木 祐哉 | FREERUN |
| 19 | 13:49.04 | 椎野 修羅 | 麗澤大学 |
| 20 | 13:49.35 | 山田 真生 | 立命館大学 |
| 21 | 13:49.72 | 三田 眞司 | 埼玉医科大学 |
| 22 | 13:50.63 | 西川 雄一朗 | 住友電工 |
| 23 | 13:51.64 | 斎藤 俊輔 | 立教大学 |
| 24 | 13:51.79 | ミンギワ | セキノ興産 |
| 25 | 13:52.98 | 島田 匠海 | 埼玉医科大学 |
| 26 | 13:57.60 | 髙畑 祐樹 | トーエネック |
| 27 | 14:03.00 | 米満 怜 | コニカミノルタ |
| 28 | 14:13.96 | 森下 舜也 | 順天堂大学 |
| 29 | 14:14.25 | 熊代 拓也 | 山陽特殊製鋼 |
| 30 | 14:20.35 | 五十嵐 喬信 | 水戸工業学校 |
| 31 | 14:23.82 | 橋詰 大慧 | SGH |
| 32 | 14:23.99 | 岩佐 一楽 | 筑波大学 |
| 33 | 14:27.55 | 川田 裕也 | 埼玉医科大学 |
| 34 | 14:30.47 | キプリモ | 愛知製鋼 |
| 35 | 14:31.34 | 亀田 仁一路 | 関西大学 |
| 36 | 14:40.16 | 西 研人 | 筑波大学 |
| — | DNS | 右田 綺羅 | 創価大学 |
| — | DNS | パトリック | 札幌山の手高 |
| — | DNS | タイタス | 埼玉医科大学 |
| — | DNS | 長山 瑞季 | 埼玉医科大学 |
| — | DNS | キプケモイ | SGH |
| — | DNS | 永山 博基 | 住友電工 |
| — | DNS | 前田 恋弥 | カネボウ |
| — | DNS | ワウエル | NTN |
| — | DNS | ディラング | 愛知製鋼 |
| — | DNS | 熊倉 優介 | NDソフト |
| — | DNS | 小松 陽平 | プレス工業 |
